东堂庭议，司马元显力劝司马道子诛杀王恭，以免王恭一党成为荆州军的内应。
荆州军兵临石头城，司马道子早已吓得六神无主，听从司马元显的谏言，下令斩杀王恭及其家人、党羽。
倪塘，建康城南方山之北，搭起棚席，许多峨冠大袖的士人前来送王恭最后一程。
京中世家纷纷派人前来，琅琊王家王凝之，陈郡谢家谢琰之子谢混，庾、桓、温、郗等世家都派人前来。谢混已经迎娶晋陵公主，官居驸马都尉。
王恭头戴三梁冠，身披鹤氅，神色如常地与众人见礼，有如在林间悠游。
王凝之心中伤感，让侍从奉上美酒，举杯道：“孝伯，念此死生变化非常理，中心恻怆不能言，请饮送别酒。”
王恭举杯饮尽，理了理被风吹乱的胡须，叹道：“吾本心对朝庭忠心耿耿，愿百年之后还有后人知吾。”
将酒杯放回托盘，王恭看了看一同赴死的五个儿子，还有兄弟王爽及其子王和，故吏孟璞、张恪等人，叹道：“吾识人不明，轻信刘牢之，落得如此地步，夫复何言。”
说罢，盘膝坐席，闭目口诵佛经。一卷经文念罢，刀光闪过，人头落地。
观刑的众人烧罢纸钱，纷纷登上牛车回返，王恭之死让太原王恭一脉几为覆灭，难免让人感觉兔死狐悲，世家众人都为之惋惜的同时暗自心惊，司马道子父子斩杀大臣株连亲眷，非仁恕之道也。
…………
石头城，桓玄和杨佺期听闻王恭被杀，株连兄弟子侄党羽，摆出势不两立的态势，让两人暗自心惊。
商议之后，桓玄和杨佺期上表为王恭鸣冤，请诛刘牢之，这是荆州军对朝庭的最后试探。
司马道子便是再傻也知道不能做此亲者痛、仇者快的助敌之事，急令刘牢之率师来援。
九月十八日，刘牢之收到朝庭的急报，得知桓玄和杨佺期上表诛杀自己，再也顾不上拖延时间了、
万一会稽王改了主意，像诛杀自己让荆州军退军，那自己可要追随王恭前去地府了，朝庭不是做不出这样的事，王国宝的坟头草还不算高。篳趣閣
两天时间急行二百余里，刘牢之率军抵达新亭，司马元显亲临石头城坐镇，谢琰在宣阳门外率重兵防守，建康的局势稳定下来。
新亭紧靠长江，位于建康西南，在石头城南十余里处，将建康守军将桓玄和杨佺期的荆州军合围在其中。
得知刘牢之到来，桓玄和杨佺期大惊失色，完全出乎意料，两人还在希望朝庭能诛杀刘牢之呢。
刘牢之是北府名将，威名赫赫，便连杨佺期自问也不能及，惊恐之下两人决定退军南下，驻扎于蔡洲。
蔡洲位于长江之中，周长五十余里，洲上有山，绿树成荫，草木葱茏，鸟类繁多。唐时改蔡洲为白鹭洲，“三山半落青天外，二水中分白鹭洲”便指此处。
新亭与蔡洲隔水相望，两边的旗帜上的晋字都能看得清楚，桓玄和杨佺期都为刘牢之的威名所慑，看到新亭北府军军容威严，不敢主动进攻。
刘牢之其实暗捏把冷汗，他刚从王恭手中得到北府军，军心不定，而且两日急行二百余里赶至新亭，已是强弩之末，此时荆州军若发动进攻，北府军必败无疑。
殷仲堪已经得到庾楷后败、王恭身死的消息，船队行至芜湖便不再前行，与朝庭军兵僵持起来。
三个方镇起义军只剩下自己，殷仲堪心中忐忑，讨逆军如今成了叛逆，不知该如何收场。
朝庭知道荆州有三万兵马，战船近千艘，还有杨佺期、桓玄这样的勇将，北府军又尚未归心，亦不敢轻启战事。
趁朝庭兵马不敢分散，殷仲堪派出数只小队，袭拢四周，给朝庭不断施压，希望朝庭给个台阶，体面地回转荆州。
可是朝庭众臣没有体会到殷仲堪的用心，惊惧不定。
司马道子一连数日无眠，只有借助醉酒睡去，司马元显与王珣、谢琰等朝臣商议退敌之计，谁也没有办法。
这种对峙一直延续到十月初，左卫将军桓脩从句容奉旨还朝，一席话解除了司马道子的顾忌。
“……荆州军不足为虑。当初三家结盟，众人皆指望王恭，如今王恭兵败身死，荆州军忧惧交加。殷、桓、杨三人各怀心思，可诱之以利，巧为分化。”
司马道子问道：“依你之见当如何？”
桓脩是恒冲之子，桓玄的堂兄，对自己堂弟的心思很明了，道：“桓玄无非是想要权，而杨佺期不甘人下，若能运作得当，当可孤立殷仲堪，朝庭甚至可以借机掌控荆州。”
司马道子大喜，以朝庭名义下旨，任广州刺史桓玄为江州刺史；南郡相杨佺期为雍州刺史，诏郗恢回京任尚书；荆州刺史殷仲堪则迁任广州刺史。
桓家在荆州势大，司马道子决定让左卫将军桓脩接任荆州刺史，左卫将军府的文武官员转为刺史府官吏，并让刘牢之率兵千人护送桓脩上任。
这道旨意对殷仲堪极为不利，司马道子怕惹恼了殷仲堪，会斩了使者祭旗。司马元显推荐太常殷茂前往宣诏，殷茂是殷仲堪的叔父，殷仲堪总不能拿他如何。