秦朝的司法机关有王国中枢和地方两级：
（1）廷卫是秦朝中央最高司法机关，位列九卿之一。其职责是审理皇帝诏令审理的案件，以及地方上诉案件和复审郡县不能裁断的疑难案件。重大案件须经皇帝裁决，才能定案。皇帝实际掌握着最高司法权。
（）地方行政长官郡守县令兼理司法，自行审断辖区内的一般案件，重大疑难案件要报送中央廷卫审理。县以下的基层组织乡、亭、里，也有一定司法权。
秦律规定的主要犯罪行为有：1、危害皇权罪，也就是谋反或污蔑君王、王室。、侵犯财产和人身罪，盗窃、诈骗、伤害及杀人。、官员渎职罪。4、妨害社会管理秩序罪。包括私自卖酒给秦国本地人、未成年人，逃避徭役赋税、扰乱治安等等。5、破坏婚姻家庭秩序罪。夫殴妻、通奸、妻私逃、擅杀子、子不孝、子女控告父母、卑幼殴尊长、乱lun等等，秦律禁止杀子，特别是禁止杀嗣子。秦律对家庭内部乱lun行为的惩罚同样十分严厉，比如《法律答问》中说：“同母异父相与奸，何论？弃市。”
秦律规定的刑罚主要包括8大类——笞刑、徒刑、流放刑、肉刑、死刑、羞辱刑、经济刑、株连刑；
(1)笞刑。笞刑是以竹、木板责打犯人背部或臀部的轻刑，是秦代经常使用的一种刑罚方法，秦简中有“笞十”、“笞五十”、“笞一百”等多种等级，大多针对轻微犯罪而设，也有的是作为减刑后的刑罚。
()徒刑。徒刑即剥夺罪犯人身自由，强制其服劳役的刑罚。主要包括以下几种：城旦舂（男犯筑城，女犯舂米）、鬼薪、白粲（男犯为祠祀鬼神伐薪，女犯为祠祀择米）、隶臣妾，（将罪犯及其家属罚为官奴脾，男为隶臣，女为隶妾）、司寇（意为伺察寇盗）、候（发往边地充当斥候）。
、流放刑。包括迁刑和谪刑，都是将犯人迁往边远地区的刑罚，其中谪刑适用于犯罪的官吏，但两者都比后世的流刑要轻。
4、肉刑。即黥(或墨)、劓、刖(或斩趾)、宫四种残害肢体的刑罚，它们源于奴隶制时代，在秦时不仅沿用，且十分广泛。从云梦秦简来看，秦的肉刑大多与城旦舂等较重的徒刑结合使用。
5、死刑。秦代的死刑执行方法很多，主要有：
1）弃市，即所谓杀之于市，与众弃之；
）戮，即先对犯人使用痛苦难堪的羞辱刑，然后斩杀；
）磔，即裂其肢体而杀之；
4）腰斩；
5）车裂；
6）阮，即活埋；
7）定杀，即将患疾疫的罪人抛入水中或生埋处死；
8)袅首，即处死后悬其首级于木上；
9)族刑，通常称为夷三族或灭三族；
历朝历代，最狠的刑罚莫过于“夷三族”，“三族”是指父、子、孙。也有说是指父族、母族、妻族。秦代的被判处”诛三族“的主犯，一般会“具五刑”：即先在额头上刺字；再依次.剜掉鼻子；.割掉手指脚趾；乱棍打死或腰斩，将死尸的头割掉；最后剁成肉酱。《汉书、刑法志》所说：“当夷三族者，皆先黥、劓、斩左右趾，笞杀之，袅其首，菹其骨肉于市。其诽谤詈诅者，又先断舌，故谓之具五刑。”
6、羞辱刑。指剃光犯人的头发和胡须、鬓或惩罚女犯的裸体示众。
7、经济刑。秦律中对轻微罪适用的强制缴纳一定财物的刑罚主要是“赀”，
一是纯属罚金性质的“赀甲”、“赀盾”；
二是“赀戍”，即发往边地作戍卒；
三是“赀徭”，即罚服劳役。
8、株连刑。主要是族刑和“收”。收，亦称收孥、籍家，就是在对犯人判处某种刑罚时，还同时将其妻子、儿女等家属没收为官奴婢。
举例说明：对逃役的惩罚，秦代男子16周岁开始服兵役和劳役，服役期间，须自备衣粮和常规兵器，而且要限时到达，误期即予严惩，因而就有逃役规象。《秦律·徭律》规定：“失期三日五日，谇；六日到旬，赀一盾；过旬，赀一甲。”谇是羞辱，赀是罚款。还规定：服役期间如果逃亡，则“黥为隶臣”或“刑为城旦”，贬之为奴隶强制劳动。后人解释陈胜起义的原因时，通俗的说法是：归罪于“秦法：失期者斩”，这并不足为信！
中国的监狱夏代被称为丛棘，亦称“棘丛”。商代监狱为“牢”。《说文解字》译为“牢，闲养牛马圈也”，也就是为了防止奴隶脱身，奴隶主将奴隶用绳索捆绑起来，圈于“牢”内，不使脱逃，后又发展为“画地为牢”。意为画地为圈，坐圈为牢。周代的监狱多称作“圜土”，“筑土表墙，其形圜也”。也作囹圄，意为令囚犯闭门思过，改恶为善。春秋战国时代将监狱称之为“狴犴”。“狴”、“犴”是两种传说中的兽名，因在牢门上常画它们的形状，故将监狱称之为“狴犴”。其实，“狴犴”是牢狱一种，且多为石室。越王勾践就是被囚于吴国的狴犴——石室。秦代的监狱逐步分为中央狱和地方狱，李斯和赵高均囚于咸阳狱。